Magistrát HMP přezkoumává rozhodnutí vydaná orgány městských částí ve správním řízení, pokud není zákonem tato působnost svěřena zvláštnímu orgánu nebo zvláštní zákon nestanoví jinak, řídí výkon přenesené působnosti orgány městských částí; k tomu organizuje a provádí kontroly na vybraných úsecích přenesené působnosti úřadů městských částí, vyhodnocuje jejich výsledky a k nápravě nedostatků přijímá potřebná opatření, ukládá sankce podle zákona o hlavním městě Praze, zabezpečuje výstavbu a provoz informačního systému Magistrátu a úřadů městských částí kompatibilního s informačními systémy správních úřadů, podílí se na odborné přípravě zaměstnanců zařazených do Magistrátu a úřadů městských částí pro vykonání zkoušky zvláštní odborné způsobilosti, kontroluje dodržování usnesení vlády v činnosti úřadů městských částí v přenesené působnosti a poskytuje jim odbornou pomoc, vykonává další působnosti svěřené mu zákonem. Základními organizačními jednotkami Magistrátu jsou odbory, které se dále člení na oddělení, součástí jsou také zvláštní organizační jednotky.